Trattando la materia dell'integrazione fra sistemi, parlare di autenticazione vuol dire sia autenticazione uomo macchina (cioè controllo di accesso dell'utente sulla piattaforma di integrazione) che autenticazione server to server (cioè controllo di accesso da e verso bindCommerce con i sistemi integrati). 

L'autenticazione da e verso i sistemi integrati segue logiche differenti in base alla metodologia di integrazione utilizzata. Quando il dialogo avviene attraverso API fornite del sistema con il quale dialoghiamo (come per la maggior parte dei marketplace e molti CMS eCommerce) normalmente l'autenticazione avviene attraverso token (chiave a lunghezza variabile). Per taluni sistemi, ove l'integrazione utilizza tecnologie proprietarie di bindCommerce, viene utilizzato un doppio controllo: attraverso credenziali di accesso, nonchè verificando se la chiamata proviene da un indirizzo IP contenuto nella white list dei clienti abilitati.